Thomas Guggeis studierte Dirigieren in München und Mailand und vervollständigte seine Studien durch Meisterkurse bei Gianandrea Noseda, Vladimir Jurowski und Alexander Liebreich. Er ist Alumnus der Studienstiftung des deutschen Volkes und Träger des Kulturförderpreises der Stadt Straubing. Von 2016 bis 2018 war Thomas Guggeis als Assistent von Daniel Barenboim an der Staatsoper Unter den Linden engagiert. Zuvor leitete er Opernvorstellungen am Badischen Staatstheater Karlsruhe und an der Kammeroper München und assistierte wiederholt bei den Salzburger Festspielen, zuletzt 2017 für die Neuproduktion von Aribert Reimanns Lear. Im Konzertbereich arbeitete er mit Orchestern wie dem WDR Sinfonieorchester, den Münchner Symphonikern, der Orchestra Sinfonica di Milano „Giuseppe Verdi“ und dem Münchner Kammerorchester. Sein Interesse an zeitgenössischer Musik spiegelt sich in der Zusammenarbeit mit dem Boulez Ensemble, dem Münchner Ensemble Oktopus und dem ensemble opus21plus wider. 2018 übernahm er die Musikalische Leitung einer Neuproduktion von Debussys Pelléas et Mélisande an der Kammeroper des Theaters an der Wien und von Hans Neuenfels‘ Inszenierung von Salome an der Staatsoper Berlin. Von 2018 bis 2020 war er Kapellmeister und Assistent des Generalmusikdirektors Cornelius Meister an der Staatsoper Stuttgart, wo er u.a. mit Werken wie La Bohème, Il barbiere di Siviglia, Madama Butterfly, Der Freischütz und Der Prinz von Homburg zu erleben war. 2020 wurde er zum Staatskapellmeister der Staatsoper Unter den Linden Berlin ernannt. Mit der Saison 2023/24 tritt er das Amt des Generalmusikdirektors der Oper Frankfurt an.